壓縮空氣中往往含有比在大氣壓力下更多的水份，而這些水份會造成許多不良的影響，直接、間接的使產品品質、生產力下降，使器具設備機器容易故障。水份與油份接觸後會形成乳化物，產生腐蝕性，破壞油品潤滑、散熱的效果，直接影響機械動作，造成機件損壞。水份會協助氧氣加速氧化，腐蝕機件。

一氧化碳是壓縮空氣中最危險的污染物。一氧化碳通常會從空壓機的入口端進入，除非有良好的通風設計，否則空壓機本身運轉所產生的排煙將是一氧化碳的主要來源（尤其是引擎驅動的空壓系統）。其次是空壓機本身的潤滑油因受到溫度的影響而分解，使壓縮空氣中含有一氧化碳。一氧化碳之所以是致命的氣體是由於一氧化碳分子與紅血球的結合能力比氧分子高出300倍。一旦過量的一氧化碳與紅血球結合後，將造成身體組織極度的缺氧，導致組織嚴重傷害或死亡。
去除一氧化碳的方法是使用觸媒（催化劑）。使用觸媒去除一氧化碳的催化作用原理是將一氧化碳氧化，使一氧化碳變成二氧化碳；而二氧化碳就可以以吸附的方式加以去除。一氧化碳在進行完整的催化過濾前，必須先將空氣中的水分、雜質粒子及油氣加以排除，否則這些成分將會使一氧化碳催化劑的效果降低。為了確保一氧化碳催化劑的壽命及效率，壓縮空氣必須保持乾燥。